鮮黃花菜含有無毒的秋水仙堿，進入人體胃腸道后會變成有毒的氧化二秋水仙堿，使人產生喉干、胃部灼痛、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等毒性反應，中毒嚴重的可引起血尿、尿閉和便血。由于秋水仙堿易溶于水，吃前只要將新鮮黃花菜放入水中浸泡兩小時，再用開水燙一下并擠去水分。這樣做成菜食用就不會中毒了。市售的干的金針菜是經過蒸煮、曬干后制成的，毒性已被破壞，食用是安全的。